SW 는 시스템의 일부분으로 위험 분석은 전체 시스템의 설계 맥락에서 수행되어야 한다. SW 그 자체만으로는 안전성 문제를 발생시키지 않고, SW 가 시스템의 일부분으로 구성될 때 비로소 문제가 발생한다. 따라서 SW 안전성은 HW 와 결합되는 지점부터 위험분석이 시작되어야한다. 또한 관련된 HW, 주변 환경, 그리고 사람 등을 고려해야 한다. 때문에 SW 위험 분석을 수행하는 분석가는 시스템 안전 기능의 수행과 시스템 제어 및 감시 기능의 수행에 있어서 SW 역할을 이해해야 하고, 해당 시스템 안전성 달성에 있어서 SW 가 시스템에 미치는 영향을 잘 파악해야 한다.
시스템 설계에 있어 안전 특성들은 기본적으로 품질, 다양성, 그리고 심층방어의 세 가지 설계 원칙으로 결정된다. 이 원칙들이 여러 계층의 설계에 적용될 수 있으며, 어디에 어떻게 적용할 것인지를 결정하는 것이 설계 공정의 중요한 활동이고, 세 가지 원칙은 다양한 형태의 공정제어 장치에 적절하게 적용 가능하다.
물리적인 관점에서 심층방어 개념을 예를 들어 살펴보면, 핵분열 생성물의 누출을 통제 하기 위해 세 계층의 심층방어 설계가 마련되어 있다. 각 계층은 어느 정도 심각한 수준의 방사선으로부터 일반 대중의 피폭을 방지할 수 있어야 한다. 첫 번째 계층은 핵연료봉이 그 피복재로 싸여져 있다. 두 번 째 계층은 핵연료봉에서 세어나온 핵분열 생성물이 E/E/PES 시스템냉각재장치(RCS)에 의해 격리된다. 세 번째 계층은 E/E/PES 시스템 건물이 E/E/PES 시스템 냉각재 장치를 에워싸고 있다. 이들 각 계층은 기본적으로 서로 다른 설계이며, 각 계층마다 다양성을 부여하고 있다.
계측제어 관점에서 살펴본 심층방어 개념으로는 각 기능이 여러 개의 독립적인 시스템들에 의하여 작동될 수 있다. 예를 들면, 제어봉은 제어 장치, E/E/PES 시스템보호장치, ATWS 완화 장치, 공학적안전설비 작동 장치(ESFAS)에 의해 자동 또는 수동으로 작동될 수 있다. 또한 컴퓨터 기반 제어 및 보호장치들을 포함한 신형 E/E/PES 시스템 설계에서는 적어도 두 개의 자동시스템이 각 안전 기능을 개시할 수 있어야 한다. 그리고 운전원이 각 안전 기능을 시작, 가동, 종료할 수 있도록 충분한 정보와 수동 제어기능을 마련하여야 한다.
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